Økomuseum Samsø og Samsø Museumsforening har samme bestyrelse. Bestyrelsen består af 8 medlemmer, hvoraf Samsø kommunalbestyrelse med gyldighed for en kommunal valgperiode vælger 2. De øvrige 6 medlemmer vælges af Museumsforeningens ordinære generalforsamling for 3 år ad gangen. Desuden vælges 2 suppleanter for et år.

Bestyrelsen nedsætter et forretningsudvalg, bestående af formanden og 2 andre medlemmer, til at varetage foreningens daglige anliggender i henhold til de af den samlede bestyrelse under ansvar overfor generalforsamlingen trufne bestemmelser.

Per Søgaard (formand)
Anne-Kirsten Buur (næstformand)
Bodil Mørk (medl. af forretningsudvalget)
Mogens Wedel-Heinen
John Reshaur Enevoldsen
Jenny Ahlgreen
Per Urban Olsen (valgt af kommunen)
Erik Wennergaard Rasmussen (valgt af kommunen)
Erik Møller (suppleant)
Kurt Madsen (suppleant)